為促進海峽兩岸經貿關系發展，便利兩岸人民往來，海峽兩岸關系協會與財團法人海峽交流基金會就兩岸空運直航事宜，經平等協商，達成協議如下：
一、空中航路
雙方同意開通臺灣海峽北線空中雙向直達航路，建立兩岸空（航）管部門的直接交接程序。
雙方同意繼續磋商開通臺灣海峽南線空中雙向直達航路及其他更便捷的航路。
二、承運人
雙方同意兩岸資本在兩岸登記注冊的航空公司，經許可得從事兩岸間航空客貨運輸業務。
三、直航航點
雙方同意根據市場需求開放適宜客貨直航的航點。
四、定期航班
雙方同意盡可能在本協議實施半年內就定期客貨運航班作出安排。
五、貨運包機
雙方同意開通兩岸貨運直航包機，運載兩岸貨物。
六、客運包機
雙方同意在兩岸周末包機的基礎上，增加包機航點、班次，調整為客運包機常態化安排。
七、公務（商務）包機
雙方同意視情開辦非營利性公務（商務）包機。
八、準用條款
雙方同意客貨運包機等相關事宜，準用《海峽兩岸包機會談紀要》的規定。
九、聯系主體
（一）本協議議定事項，由海峽兩岸航空運輸交流委員會與臺北市航空運輸商業同業公會相互聯系。必要時，經雙方同意得指定其他單位進行聯系。
（二）本協議其他相關事宜，由海峽兩岸關系協會與財團法人海峽交流基金會聯系。
十、協議履行及變更
（一）雙方應遵守協議。協議附件與本協議具有同等效力。
（二）協議變更，應經雙方協商同意，并以書面方式確認。
十一、爭議解決
因適用本協議所生爭議，雙方應盡速協商解決。
十二、未盡事宜
本協議如有未盡事宜，雙方得以適當方式另行商定。
十三、簽署生效
本協議自雙方簽署之日起四十日內生效。
本協議于十一月四日簽署，一式四份，雙方各執兩份。
附件：海峽兩岸空中航路、客貨運包機安排
海峽兩岸關系協會 財團法人海峽交流基金會
會長 陳云林 董事長 江丙坤
附件：海峽兩岸空中航路、客貨運包機安排
依據本協議第一條、第三條、第五條及第六條，議定具體安排如下：
一、直達航路
雙方同意由兩岸空（航）管部門以適當方式，就建立北線上海與臺北飛行（航）情報區直達航路、空（航）管交接程序進行聯系并作出具體安排。
北線飛航路線為：
自B576 BERBA點（N27°04′41″E123°00′00″）經雙方議定之航管交接點A點（Ｎ27°26′20″E122°25′19″）至東山雙向使用。
二、貨運包機
（一）承運人：雙方同意各自指定二或三家航空公司經營貨運包機業務。
（二）航點：大陸方面同意開放上海（浦東）、廣州，臺灣方面同意開放桃園、高雄小港作為貨運包機航點。
（三）班次：雙方每月共飛六十個往返班次，每方三十個往返班次．其中，雙方上海（浦東）、廣州兩個航點每月每航點各飛十五個往返班次。在每年十月至十一月間的貨運旺季，雙方可各自增加十五個往返班次。
（四）商務安排：雙方航空公司采商業合作方式經營，并向雙方航空主管部門備案后實施。
三、客運包機
（一）航點：大陸方面同意在現有北京、上海（浦東）、廣州、廈門、南京五個周末包機航點的基礎上，開放成都、重慶、杭州、大連、桂林、深圳、武漢、福州、青島、長沙、海口、昆明、西安、沈陽、天津、鄭州等十六個航點作為客運包機航點。臺灣方面同意將已開放的桃園、高雄小港、臺中清泉崗、臺北松山、澎湖馬公、花蓮、金門、臺東等八個航點作為客運包機航點。
（二）班次：雙方每周七天共飛不超過一百零八個往返班次，每方各飛不超過五十四個往返班次。其中臺灣方面至上海（浦東）的班次不超過二十個往返班次。今后視市場需求適時增減班次。
（三）其他事宜：客運包機常態化安排實現后，此前的節日包機安排不再執行。春節期間可視情適量增加臨時包機。
（四）郵件運輸：雙方同意利用客運包機運送雙方郵件。